הדרך הטובה ביותר להקפיא מיץ לימון היא בתוך כלים המיועדים לקוביות קרח, כך מיץ הלימון מחולק למנות קטנות ואין צורך בהקפאה חוזרת לאחר ההפשרה. את הקוביות הקטנות ניתן להעביר לאחר הקפאתן לשקיות פלסטיק ואותן להניח בקופסא אטומה. כך הן יוכלו להחזיק מעמד בהקפאה לתקופה של שנה.

ניתן להקפיא את מיץ הלימון בשנית לאחר הפשרתו, אך מוטב להמנע מכך, שכן זה עלול להשפיע לרעה על טעמו.