הנה מספר דרכים לטיפול באפטות:

1. טיפול יעיל בפצעים בפה אפשרי באמצעות פרו-פה: מדבקית שנדבקת לאפטה, נמסה לאחר 8-6 שעות. הבידוד ממגע ומאוכל/שתייה מקל על הכאב. כמו כן משחררת חומרים כמו ויטמין A, מלחים ושמנים ארומטיים המסייעים בריפויו האפטה. רצוי להשתמש בה לפני השינה, ולא לקלפה.

2. אפטגון/אפטה-X: ג'ל המכיל חומרים מרגיעים כמו אלוורה וחומרים היוצרים שכבת בידוד מגינה מעל הפצע, שנמשכת מספר שעות. ויוצרת הקלה מיידית בכאב , ולעיתים אף מזרזת את החלמת הפצע.

3. קנקא: ג'ל המכיל 20% בנזוקאין, כחומר מאלחש. יוצר שכבת בידוד בין האפטה לבין חלל הפה.

4. תארודנט / קורסודיל: תכשירים לחיטוי פה, המכילים כלורהקסידין. גירגור אלכוהול - פחות מומלץ.
דרכי טיפול במרשם רופא בלבד:

5. Oracort: משחה סטרואידלית למריחה; Oracort E (אורה-קורט עם Esracain כמאלחש טופיקלי; פותח ע"י פרופ' מאיר גורסקי, מבי"הס לרפואת-שיניים באוניברסיטת תל-אביב).

6. תרופות נוספות: מינוצין, תאלידומיד, אבץ.

7. שטיפות פה: דקסמטזון (סטרואידים); סוקרלט/סוקרפט (מכסה את הכיב).